A Neptunban lehetőség van a tárgyakból tárgycsoportokat kialakítani és a tárgycsoportba tartozó tárgyakat együttesen kezelni. A tárgycsoport mintatantervhez rendelhető, de egyéb szempontból is csoportosíthatja a tárgyakat, pl. meta feltétel vizsgálathoz, vagy hallgatói tárgyjelentkezésnél a tájékozódást segítő csoportosításra.