A Befizetési lehetőség fejezetben került részletezésre, hogy az új hallgatói weben 3 irányból is kezdeményezhető befizetés egy vagy több befizetendő tételre. A tételek kiegyenlítésére több befizetési mód is rendelkezésre áll a Neptun hallgatói weben.

A jelenleg elérhető befizetési módok az alábbiak:

• Fizetési kérelem: Fizetési kérelem kezdeményezésekor a terhelendő bankszámlaszám kiválasztása és az adattovábbítási nyilatkozat elfogadása után a rendszer egy azonnali átutalást kérhet a hallgató bankjától, amelyről a telefonos mobilapplikációja fogja értesíteni a hallgatót. Amennyiben a hallgató ezt elfogadja, akkor az összeg terhelődik a számlaszámára és a megjelölt tétele vagy tételei teljesített státuszba kerülnek. 
  
  
• Gyűjtőszámlás befizetés: Gyűjtőszámlával történő kiegyenlítéskor a rendszer a hallgató által kiválasztott gyűjtőszámlájáról fogja levonni a szükséges összeget, amennyiben az rendelkezésre áll. Az elérhető egyenleget a befizetési folyamatkor is kijelzi a felület, de a Gyűjtőszámlák kezelése menüponton is megtekinthető.
  
  
• SimplePay befizetés: A fizetési mód használatának feltétele az alapértelmezett e-mail cím, amely hiánya esetén a folyamat figyelmeztet annak pótlására, és lehetőséget ad a rögzítésre. SimplePay fizetés kezdeményezésekor az adattovábbítási nyilatkozat elfogadása után a rendszer továbbirányítja a hallgatót a SimplePay saját oldalára, ahol megadhatja bankkártyájának adatait, amelyről fizetni szeretné a tartozását. A Fizetés gombra kattintva a felület visszairányít a hallgatói webre és tájékoztatás jelenik meg, hogy folyamatban van a tranzakció. Rövid kommunikációs idő után a befizetett tételek teljesített státuszt kapnak, mindeközben az alapértelmezett e-mail címre megérkezik a tranzakció részleteit tartalmazó levél. 
  

  A Fizetési kérelem befizetési mód használatának feltétele, hogy a hallgató rendelkezzen alapértelmezett bankszámlaszámmal. Amennyiben ez a számlaszám hiányzik, akkor a felület figyelmeztet, és lehetőséget ad a bankszámlaszám rögzítésére. Mivel a bankszámlaszám egy érzékeny adat, az intézmény rendelkezhet úgy, hogy az új bankszámlaszám rögzítését vagy a meglévő módosítását ügyintézői ellenőrzéshez köti: így a felvitelt/módosítást követően átfutási ideje van annak, hogy a hallgató az új/módosított adattal tudjon műveletet végrehajtani. (Előfordulhat az is, hogy az intézmény egyáltalán nem engedélyezi a hallgatók számára a bankszámlaszám rögzítését vagy módosítását a hallgatói web felől, így ekkor ez a funkció nem látható, és csak intézményi ügyintéző segítségével rögzíthető az új bankszámlaszám vagy módosítható a meglévő.)

A Fizetési kérelem és SimplePay esetében előfordulhat olyan eset, hogy valamilyen hálózati kapcsolódási probléma vagy időtúllépés történik. Ebben az esetben a weboldal tájékoztatja a hallgatót, és utána újra próbálkozhat a tételei befizetésével.